Школа была основана в 1940 году. Эта одна из старейших школ Нефтеюганского района. С 1980 года на базе восьмилетней образовалась средняя школа.

Чеускинская средняя школа преобразована в Нефтеюганское районное муниципальное образовательное учреждение «Чеускинская средняя общеобразовательная школа» 19.06.2000г. (Распоряжение Главы Нефтеюганского района от 19.06.2000г. № 1192-р).
Нефтеюганское районное муниципальное образовательное учреждение «Чеускинская средняя общеобразовательная школа» преобразовано в Нефтеюганское районное муниципальное общеобразовательное учреждение «Чеускинская средняя общеобразовательная школа» 02.12.2002г. (Приказ комитета по образованию администрации Нефтеюганского района от 02.12.2002г. № 580-о).
Нефтеюганское районное муниципальное общеобразовательное учреждение «Чеускинская средняя общеобразовательная школа» преобразовано в Нефтеюганское районное муниципальное общеобразовательное бюджетное учреждение «Чеускинская средняя общеобразовательная школа» (Приказ Департамента образования и молодежной политики администрации Нефтеюганского района от 10.06.2011г. № 322-о)

На протяжении существования школы ее возглавляли: Панова А.В., Бабкина К.Г., Сипайлов П.Н., Вишнякова М.В., Скиплин А.С, Алычев Я.Д, Бочанцева Н.Ф.

Кисаева Фаина Тулегеновна руководила коллективом школы 37 лет.
Фаина Тулегеновна награждена значком "Отличник народного просвещения", носит звание "Заслуженный учитель Российской Федерации". В 2000 году ей присвоено звание Почетный гражданин Нефтеюганского района.

Школа сегодня:

Просторное светлое здание, отвечающее всем современным требованиям. Высококвалифицированный, творческий коллектив. Благоприятная атмосфера для развития творческих и интеллектуальных способностей учащихся. Школа развития творческой, интеллектуальной, культурной, самостоятельной личности. Школьное объединение Республика Мальчишек и Девчонок. Районный ресурсный центр по реализации программы «Юный казак-гражданин-патриот».Ресурсный центр по трудовому воспитанию учащихся «Сельский хозяин».Активное содружество семьи и школы.

С 2006 года коллектив школы возглавляет Шехирева Ирина Валентиновна
Почетный работник образования РФ Заслуженный работник образования
Нефтеюганского района